26 % des rivières de Bourgogne-Franche-Comté sont dans un bon état écologique et 83 % des nappes de la région ont un bon état chimique selon l’Agence de l’eau Rhône Méditerranée Corse.
La pollution domestique a été divisée par 20 en 25 ans. En revanche, les analyses ont révélé la présence de 500 substances toxiques dont la moitié sont des pesticides.