En avril 2023, les joueurs du Football Club Autunois ont été accusés d’avoir proféré des menaces et injures à l'encontre d’arbitres, de violences, d'utilisation d'engins pyrotechniques et d’avoir instauré un climat d'insécurité globale pour les officiels et les équipes adverses lors d’un match ayant opposé le Football Club Autun au club de Varennes-le-grand.
Cet incident, hors des clous des valeurs du sport, n’a pas été un fait isolé. En effet, une enquête de gendarmerie, diligentée par Service départemental à la jeunesse, à l'engagement et aux sports de la direction des services départementaux de l'éducation nationale, a fait état de propos insultants et menaçants de la part d’un joueur d’Autun envers un joueur du club d’Orion, ainsi que de nombreuses autres provocations et invectives de la part des membres du Football Club Autunois.
Yves Séguy prononce la fermeture du club
En conséquence, Yves Séguy, Préfet de Saône-et-Loire, a prononcé, par arrêté préfectoral, la fermeture du club pour un an.
